Wojewódzki Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej w Białymstoku jako samodzielna instytucja finansowa posiadająca osobowość prawną rozpoczął swą działalność 1 lipca 1993 roku. Po nowelizacji ustawy o finansach publicznych wojewódzkie fundusze utraciły status państwowych funduszy celowych, a na skutek zmian w ustawie Prawo Ochrony Środowiska od 1 stycznia 2010 roku zostały przekształcone w samorządowe osoby prawne.
Fundusz samodzielnie gospodaruje środkami publicznymi stanowiącymi wpływy z tytułu opłat za korzystanie ze środowiska i administracyjnych kar pieniężnych pobieranych na podstawie ustawy Prawo Ochrony Środowiska oraz przepisów szczególnych, a także z tytułu kwot pieniężnych uzyskanych na podstawie decyzji nałożonych na podmioty, które negatywnie oddziałują na środowisko. W celu realizacji zasad zrównoważonego rozwoju WFOŚiGW finansuje zadania z zakresu ochrony środowiska i gospodarki wodnej, które są zgodne z kierunkami polityki ekologicznej państwa oraz województwa podlaskiego.